사업을 운영해 이익이 발생한다면 좋겠지만 항상 그럴 수는 없을 것이다. 이익이 많이 나서 세금도 많이 낸다면 더할 나위 없이 좋은 일이지만 손해를 많이 보게 된다면 소득세는 납부하지 않아도 된다. 거기에 더해 올해 발생한 손해를 내년에 공제를 받을 수 있도록 해 기간귀속에 따른 불공평이 없도록 결손금 및 이월결손금의 공제제도를 두고 있다.
결손금이란 사업소득, 부동산임대소득, 산림소득이 있는 사업자가 비치, 기장한 장부에 의해 당해 연도의 소득금액을 계산함에 있어서 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우의 그 초과금액을 말한다. 이월결손금은 결손금 중 당해 연도의 다른 소득에서 공제하고도 남아 다음연도로 넘어가는 결손금을 말한다.
결손금이 발생하면 먼저 당해 연도의 동일 종류의 소득별(부동산임대소득, 사업소득, 산림소득)로 먼저 통산한다. 사업소득이 발생하는 사업장이 여러 곳이 있고 그 중 하나에서 결손이 발생했다면 다른 종합소득에서 공제하기 전에 먼저 다른 사업소득과 먼저 통산하는 것이다.
소득별로 통산해도 결손금이 발생하는 경우에는 사업소득의 결손금은 ①부동산임대소득 ②근로소득 ③일시재산소득 ④연금소득 ⑤기타소득 ⑥이자소득 ⑦배당소득 순으로 공제하며, 부동산임대소득, 산림소득에서 발생한 결손금은 다른 종류의 소득에서 공제하지 아니하고 다음연도로 이월한다. 부동산임대소득의 결손금은 타소득과 통산할 수 없음에 주의해야 한다.
전년도에서 넘어온 이월결손금이 경우에는 ①사업소득 ②부동산임대소득 ③근로소득 ④일시재산소득 ⑤연금소득 ⑥기타소득 ⑦이자소득 ⑧배당소득에서 순차로 공제하며, 부동산임대소득과 산림소득의 이월결손금은 당해 소득에서만 공제한다. 당해 연도에 결손금과 이월결손금이 동시에 존재하는 경우에는 당해 연도의 결손금을 먼저 소득금액에서 공제한다.
금융소득종합과세시 종합과세되는 배당소득, 이자소득 중 원천징수세율을 적용 받는 부분은 결손금 및 이월결손금의 공제대상에서 제외하며 기본세율을 적용 받는 부분에 대해서는 납세자가 공제여부 및 공제금액을 결정할 수 있다.
일반적으로 이월결손금은 당해 결손금이 발생한 연도로부터 향후 5년간 이월 공제하는 것이지만 다음의 요건을 갖춘 경우에는 소급공제가 가능하다.
중소기업을 영위하는 거주자로서 직전과세기간에 당해 중소기업의 사업소득에 부과된 종합소득세액이 있어야 한다. 이월결손금은 사업소득에서 발생한 당해 과세기간의 이월결손금이어야 한다. 즉 당해 과세기간 결손금 통산 후 남은 이월결손금 잔액을 말한다.
종합소득세과세표준 확정신고 기한 내에 결손금이 발생한 과세기간과 그 직전 과세기간의 소득세 과세표준 및 세액을 각각 신고해야 하며, 결손금소급공제환급신청서를 제출해야 한다.
결손금소급공제에 의해 환급을 받은 후 결손금이 발생한 과세기간에 대한 소득세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 이월결손금이 감소된 경우에는 이자상당액을 포함해 추징될 수 있으니 주의해야 한다.
